Shusaku Endo nació en Tokio en 1923. Poco después sus padres se marcharon a vivir a la zona japonesa de Manchuria. Tras el divorcio de sus padres, Endo y su madre volvieron a Japón para vivir en la ciudad natal de la madre, Kobe. Su madre se convirtió cuando él era pequeño, por lo que fue criado como católico. Endo fue bautizado en 1935 a la edad de 12 años, con el nombre cristiano de Paul.
Sus novelas reflejan muchas de las experiencias de su niñez. Éstas incluyen el estigma de ser un forastero, la experiencia de ser extranjero, la vida de un paciente en el hospital, y la lucha contra la tuberculosis. Su fe católica puede verse de alguna forma reflejada, y es a menudo una característica principal. La mayoría de los personajes luchan contra complejos dilemas morales, y sus elecciones a menudo provocan resultados trágicos. Su obra ha sido comparada con la de Graham Greene. De hecho, Greene catalogó personalmente a Endo como uno de los mejores escritores del siglo XX.
Durante sus últimos años sufrió una grave enfermedad y murió en septiembre de 1996.
