Suele pensarse en el reinado de Felipe II como el de la rebelión de los moriscos granadinos de las Alpujarras, la prisión y muerte del príncipe don Carlos. o bien la batalla de Lepanto, la incorporación de Portugal, la colonización de América o el desastre de la Armada Invencible. Pero también hay que verle como el mecenas de las artes y las letras, cuya labor culmina en el monasterio de San Lorenzo de El Escorial.
Manuel Fernández Álvarez fue miembro de la Real Academia de la Historia, profesor emérito de la Universidad de Salamanca y del Colegio Libre de Eméritos y reconocido por sus estudios históricos sobre la Edad Moderna (La sociedad española del Renacimiento o La sociedad española en el Siglo de Oro, por el que recibió el Premio Nacional de Historia de España en 1985). Dedicó más de sesenta años al estudio del siglo xvi, fruto de los cuales son su libro Política mundial de Carlos V y Felipe II (Premio Patronato Menéndez Pelayo del CSIC), su obra magna Carlos V, el césar y el hombre (VI Premio Don Juan de Borbón al libro del año en 2000), el monumental Corpus documental de Carlos V (Salamanca, 1973-1981) y el ensayo Carlos V: un hombre para Europa. También fue autor de los títulos Isabel la Católica; Felipe II y su tiempo; Juana la Loca. La cautiva de Tordesillas; Jovellanos, el patriota; El fraile y la Inquisición; Casadas, monjas, rameras y brujas; Sombras y luces en la España imperial; Cervantes visto por un historiador (Premio Quijote del Año de la Sociedad Cervantina de Esquivias y Premio de Ensayo y Humanidades Villa de Madrid 2006), El duque de hierro y España. Biografía de una nación (2010). En el año 2001 recibió el Premio Ciencias Sociales de la CEOE. En 2007 vio la luz su Diario de un estudiante en tiempos de la guerra civil. Fue galardonado con la Medalla de Oro de la Ciudad de Salamanca y con el Premio de Ciencias Sociales de Castilla y León.
