El capitán Julián Tresser de la UCO de la Guardia Civil viaja a Atenas para un encuentro policial internacional. Allí recibe una nota misteriosa de un antiguo amigo y agente del CNI, Norberto. Poco después, un yate estalla en el puerto: varios espías mueren, Norberto desaparece y Tresser queda atrapado en una red de espionaje para descifrar un enigma de alcance internacional del que es incapaz de alejarse.
En Madrid, dos agentes del CNI, Mara y Alessia, descubren que esa tragedia es solo el primer movimiento de una guerra secreta que enfrenta a servicios de inteligencia de medio mundo. Detrás hay una conspiración internacional para apropiarse del arma más codiciada del siglo XXI: un dron de combate invisible e indetectable. Algo capaz de cambiar el equilibrio del planeta.
Entre asesinatos, traiciones y falsas identidades, Tresser, Mara y Alexia deberán enfrentarse a sus propios demonios. Desde Atenas a Londres, de Milán a Cambridge, Las espías y el enigma Aquiles traza una red de engaños donde nadie es quien dice ser y la verdad cuesta más que la vida.